聚丙烯酰胺凝胶是一种溶液中常用的，分离出不同大小的分子或微粒通过使它们通过凝胶和施加电流的过程。 有不同配方的聚丙烯酰胺凝胶，但是它典型地含有丙烯酰胺 ，水，缓冲液，过硫酸铵（APS）和四甲基乙二胺 （TEMED）。 该凝胶用作基质分隔出根据它们的电荷和大小的化合物; 聚丙烯酰胺凝胶中的溶液中，更好的分离更小的分子。 通常这种凝胶用于蛋白质和DNA的分离。
在电泳后，电场引起的带电粒子移动通过凝胶，其中一个筛子一样的功能，以使不同尺寸的颗粒分开。 该凝胶将吸收从电电流产生的任何热量。 聚丙烯酰胺凝胶常用于这些方法，但琼脂糖，创建了类似的凝胶另一个化学，也可以使用。
凝胶可制成不同的浓度 ，丙烯酰胺范围从约6％至15％的量。 当混合了凝胶，丙烯酰胺是未聚合的，这意味着它仍然是单个分子。 加入促进结合，如TEMED其他化学物质，使分子连接起来形成长链 - 聚丙烯酰胺的“聚”的一部分。
聚丙烯酰胺凝胶中的主要优点是，可以基于联动债券和硬度的数量控制在丙烯酰胺的初始量和TEMED添加。 在丙烯酰胺浓度的主要因素是分子被分析的大小。 该化合物被分离越小，越丙烯酰胺是必要的; 非常小的粒子所使用的浓度最高，15％的分离。
丙烯酰胺效果是通过在凝胶中的摩擦的量; 凝胶的硬度决定的摩擦的量。 化合物是大型移动将通过凝胶更慢，因为是因为它们的大小，自然更多的摩擦和阻力。 较小的化合物移动得更快，因为有较少的摩擦。 为了防止小分子化合物从动过的凝胶，更丙烯酰胺加入到创造更多的摩擦。
DNA的聚丙烯酰胺凝胶用于不同长度的分离的DNA链。 DNA片段将会被分开短短的一个核苷酸，组成每一条链的化合物。 为了了解这件指的是特定的大小，包含一个已知大小的碎片的标准通常与样品一起运行。 的DNA片段，然后相对于标准，将该线的大小是确定的。
类似的过程被用来确定蛋白质的大小，通常是那些在血液中。 血液中含有的蛋白质的两种主要类型：球蛋白，大尺寸的蛋白，血清白蛋白，一个非常小的，带负电荷的蛋白。 用聚丙烯酰胺凝胶分离，用于确定每个类型的数量。